Il Museo è ospitato all’interno della Porta S. Sebastiano delle mura Aureliane ed offre ai visitatori un itinerario didattico che è stato realizzato nel 1990, ma la storia dell’utilizzo del monumento per usi più o meno consoni alla sua importanza ha inizio molto tempo prima. Nel 1939, nonostante il parere contrario della Ripartizione Antichità e Belle Arti, che si opponeva alla trasformazione
Il vero nome di questa monumentale porta, una delle più grandi e meglio conservate delle mura Aureliane, era Appia dal nome dell’importante arteria stradale su cui si apriva. Nel medioevo il nome venne corrotto in Daccia e Dazza, infine prevalse quello di porta S. Sebastiano, in ricordo del martire cristiano sepolto nella basilica sulla via Appia poco fuori delle mura.